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| SUMMER SCHOOL - Module 5 |
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| Módulo 5/ Análisis de secuencias de SARS-CoV-2 para la vigilancia genómica Fechas: 5 a 9 de julio de 2021 Organizador: Prof. Fernando González-Candelas La vigilancia genómica del coronavirus SARS-CoV-2 se ha convertido en una de las herramientas fundamentales para el control de la aparición, extensión y posibles efectos de las mutaciones y variantes que se presentan en cualquier población. Atendiendo las recomendaciones de la OMS y el ECDC, el Ministerio de Sanidad ha incorporado un protocolo de vigilancia del que se hacen cargo las CC.AA. quienes, a su vez, lo trasladan mayoritariamente a los servicios de Microbiología clínica de distintos hospitales. Sin embargo, desde el principio de la pandemia, a través del consorcio SeqCOVID-España nuestro país ha realizado estudios de vigilancia mediante la secuenciación del genoma completo del virus que, en esencia, corresponden con las necesidades planteadas ahora. En este curso, se muestran y ponen en práctica los procedimientos de análisis de la información genómica obtenida mediante técnicas de secuenciación masiva (HTS) que ahora están al alcance de muchos laboratorios clínicos. Aunque centrado en el coronavirus, muchos de estos procedimientos son aplicables a otras muestras analizadas mediante HTS, por lo que su utilidad se extiende a otros estudios que cabe prever que se extiendan a otros virus patógenos. Module costs: 262,5 euros Instructors:
Lunes, 5 Julio: Introducción y Metodologías 09:00 – 10:00 Bienvenida e introducción a la epidemiología genómica. FGC. 10.00 - 11:00 Introducción a las técnicas de HTS para SARS-CoV-2. 11:30 - 13:30 Sesión práctica: Introducción a la Bioinformática. Instalación de Máquinas Virtuales. 09:00 - 10:00. HTS ficheros de lecturas. Análisis de lecturas. Calidad, filtrado. 10:30 - 13:30 Sesión práctica: 09:00 - 10:00 Mapeo, posiciones variables, calidad de la secuenciación, secuencia consenso. 10:30 - 13:30 Sesión práctica: 09:00 - 10:00 Asignacion de linajes, mutaciones, informes. NextStrain, MicroReact. 10:30 - 13:30 Sesión práctica: 09:00 - 10:00 Vigilancia genómica del SARS-COV-2 en España. 10:30 - 13:30 - 12:00 Sesión práctica: Árboles filogenéticos, análisis de linajes. | ||||||
