Contacto
 


Directora Summer:
M. Pilar Francino

 
Administrador Summer School:
Kevin Cifuentes
Telf.: 961 925 911


 

SUMMER SCHOOL - Module 3

 

 

 

 

 



Módulo 3/ Análisis genómico en el laboratorio de Microbiología Clínica 

Fechas: 3 de Julio- 7 de Julio de 2023

Coordinador: Fernando González-Candelas (fernando.gonzalez@uv.es)

Este curso se dirige a estudiantes graduados, profesionales y practicantes de la biología, la investigación biomédica y ciencias de la salud y, muy especialmente, a profesionales en el ámbito de la Microbiología Clínica. Se asume cierta familiaridad con la biología molecular y la microbiología y, aunque no es imprescindible, con la evolución molecular y la filogenética. En el curso se introducen los conceptos y métodos bioinformáticos y de laboratorio aplicados a la caracterización genómica de microorganismos infecciosos, especialmente bacterias. Nos centraremos en los métodos y técnicas de secuenciación masiva (HTS, del inglés High Throughput Sequencing) y en su aplicación a problemas clínicos y epidemiológicos.

El curso consistirá en clases teóricas y sesiones prácticas interactivas, con un énfasis en los conceptos básicos y sus aplicaciones. En esta edición, el curso se desarrollará de forma completamente híbrida, presencial en la sede de FISABIO-Salud Pública (Av. Cataluña, 21-Valencia), y telemática, a través de la plataforma Microsoft Teams. Es posible que los asistentes analicen sus propios datos, siempre que el volumen de los mismos lo permita con los recursos computacionales disponibles.

Lenguaje: castellano.
 

Precio del módulo: 350 euros

INSCRIPCIÓN

Profesorado:

 

 

Fernando González-Candelas

 PhD. Investigador senior de FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud y Catedrático de Genética de la Universidad de Valencia.

fernando.gonzalez@uv.es

 

 

Leonor Sánchez Busó

PhD. Investigadora de FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud. 

sanchez_leobus@gva.es

 

 

Álvaro Chiner Oms

PhD. Investigador de FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud 

achiner@fisabio.es

 

 

 

Irving Cancino

PhD. Investigador programa Margarita Salas en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud 
 

 

 

 Neris García González

MSc en Bioinformática. Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud 

neris.garcia@uv.es

   

 

 

  Carlos Valiente Mullor

MSc en Bioinformática. Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud.

carlos.valiente@uv.es

 

 

 

 

                                                                                            

 

Andrea Sánchez Serrano

MSc en Bioinformática. Estudiante de doctorado en Univ. Valencia- FISABIO-Salud Pública, Área de Genómica y Salud

andreass1942@gmail.com

 

 

 

Programa del módulo:

Lunes, 3 de Julio: Introducción a las técnicas de secuenciación masiva y la epidemiología molecular.
- 09:00 - 10:00 Bienvenida e introducción a las aplicaciones de la HTS. Epidemiología molecular. FGC
- 10:00 - 11:00 Introducción a las técnicas HTS: Aplicaciones, metodologías y criterios. NGG
Descanso 
- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Introducción a las máquinas virtuales y la Bioinformática. NGG, CVM 
 
Martes, 4 de Julio: Caracterización preliminar de aislados.
- 09:00 - 11:00. Ficheros de lecturas de HTS. Calidad, filtrado e identificación de genes. IC
Descanso
- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Manejo de ficheros de lecturas. Calidad, filtrado y análisis. IC, ASS
 
Miércoles, 5 de Julio: Mapeo, análisis de variantes y comparación entre aislados.
- 09:00 - 11:00 Mapeo: búsqueda de referencia y mapeo. NGG
Descanso
- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Mapeo y variantes. Filtrado y alineamiento múltiple. NGG, ASS
 
Jueves, 6 de Julio: Caracterización detallada de aislados. Análisis de ensamblados mediante plataformas Web.
- 09:00 - 11:00 Ensamblado, anotación y core genómico. Plataformas web de análisis. LSB
Descanso
- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Ensamblado de lecturas, anotación, uso de herramientas Web. ASS, IC
 
Viernes, 7 de Julio: Estudio de brotes mediante árboles filogenéticos.
- 09:00 - 11:00 Fundamentos de reconstrucción filogenética. Estudio de brotes. FGC
Descanso
- 11:30 - 14:30 Sesión práctica: Árboles filogenéticos. Interpretación en el estudio de brotes. FGC, CVM
 

Download Document