Epidemiología molecular de enfermedades infecciosas

Tenemos una amplia experiencia en estudios de contagios y brotes nosocomiales y comunitarios producidos tanto por virus como por bacterias. Desde 1988 nuestro equipo de investigadores ha participado en numerosos estudios y ha sido requerido para la realización de informes de experto y/o periciales tanto desde la Dirección General de Salud Pública de la Generalitat Valenciana como por otros organismos públicos estatales y autonómicos y centros e instituciones sanitarias privadas.

La metodología aplicada consiste en la detección específica del microrganismo por PCR o RT-PCR, secuenciación del genoma parcial o completo y análisis genético comparativo o filogenético. Dependiendo de la naturaleza del contagio o brote a estudiar en ocasiones también se caracterizan aislados control procedentes de otras fuentes clínicas o ambientales. Tenemos experiencia en aislar genomas bacterianos o víricos de diversos tipos de muestras clínicas, como tejidos celulares, cultivos celulares, suero, plasma, sangre completa, lavados bronco-alveolares, saliva, orina, heces y exudados, así como ambientales, biopelículas, filtros y aguas.

Unidades implicadas:

Área de Genómica y Salud de Fisabio.

Coordinador del Servicio de Epidemiología Molecular:
Fernando González-Candelas.
Tel. 961 925 961.

Miembros del Servicio:
Alma Bracho. Tel.: 961 925 969.
Iñaki Comas
Xavier López

Correo electrónico: brotes_fisabio@gva.es

Catálogo de servicios ofrecidos:
1. Servicio de análisis filogenético de contagios y brotes.
2. Servicio de genotipado de aislados de virus y bacterias.
3. Servicio de determinación de resistencias de virus y bacterias.

1. Servicio de análisis filogenético de contagios y brotes.

Numerosas investigaciones epidemiológicas de contagios y brotes se complementan con la caracterización molecular y posterior estimación de las relaciones filogenéticas entre los aislados potencialmente implicados en contagios y brotes. Nuestro catálogo actual incluye:
- Análisis filogenético de brotes de virus de la hepatitis A (VHA)
- Análisis filogenético de brotes de virus de la hepatitis B (VHB)
- Análisis filogenético de brotes de virus de la hepatitis C (VHC)
- Análisis filogenético de brotes de VIH.
- Análisis filogenético de brotes de Legionella pneumophila mediante SBT (Sequence-based typing) en muestras ambientales y clínicas.
- Análisis filogenético y/o redes de transmisión de brotes de Mycobacterium tuberculosis.

Tarifa análisis filogenético de contagios y brotes (precio por muestra en euros).

El precio del análisis filogenético de contagios y brotes puede sufrir variaciones en función del número de muestras y de la complejidad del estudio.

Para propuestas de servicios de otros virus y bacterias no incluidos en el catálogo actual rogamos se pongan en contacto con el servicio.

2. Servicio de genotipado de aislados de virus y bacterias.

De manera similar a los estudios de brotes y contagios, el genotipado de aislados de microorganismos que aplicamos esta basado en genética comparativa y filogenia. Ofrecemos también la caracterización de nuevos genotipos o subgenotipos por secuenciación del genoma completo. Nuestro catálogo actual incluye los siguientes microorganismos:

- Genotipado de virus de hepatitis A, B y C (VHA, VHB y VHC)
- Genotipado de virus de la inmunodeficiencia humana (VIH)
- Genotipado de virus de la parotiditis
- Genotipado de virus del sarampión
- Genotipado de enterovirus
- Tipado de cepas de Mycobacterium tuberculosis complex por MIRU (VNTR) y/o SNP.

3. Servicio de caracterización genética de resistencias a antibióticos y antivirales.

El desarrollo de resistencias a antibióticos y antivirales genera gran preocupación en microbiología clínica y salud pública por la reducción de las diferentes posibilidades de tratamientos contra las infecciones. Nuestro catálogo recoge la siguiente oferta de determinación de resistencias.

Virus:
- Resistencia de VIH a antirretrovirales por secuenciación de los genes de la transcriptasa inversa, proteasa, región parcial de la envuelta y integrasa.
- Pruebas de tropismo CCR5, CXCR4 o doble tropismo en VIH por secuenciación de la región V3 del gen Env que codifica la proteína gp120.
- Resistencias del virus de la hepatitis B (VHB) a antirretrovirales por secuenciación del gen de la polimerasa y el gen de la proteína de superficie.

Bacterias:
-Tipado por MLST de cepas resistentes de Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa.
-Caracterización genética por secuenciación de genes VIM en Pseudomonas aeruginosa.
-Caracterización genética por secuenciación de genes OXA en Staphylococcus aureus.
-Caracterización genética por secuenciación de genes AmpC en Enterobacterias (Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli).
- Caracterización genética por secuenciación de resistencias a rifampicina (rpoB) e isoniazida (katG e intergénica INH) en Mycobacterium tuberculosis.

Tarifas 2015