Objetivos

Lineas de Investigación

1. Genómica de microorganismos

Determinación y análisis de la secuencia genómica de los microorganismos.

Entre los objetivos prácticos de la secuenciación y análisis genómicos de microorganismos se pretende la identificación de los factores genéticos y metabólicos asociados a la patogenicidad, de los genes responsables de la virulencia o de la resistencia a tratamientos y de las propiedades antigénicas relevantes para la vacunación.

2. Metagenómica de comunidades microbianas

Secuenciación masiva de ADN y ARN aislado de muestras para obtener información de la composición y función de la comunidad.

Aunque el cultivo ha sido la herramienta tradicional de trabajo en microbiología, se estima que alrededor del 50% de los organismos residentes y patógenos del microbioma humano no son cultivables. Ello ha hecho necesario nuevas aproximaciones, que han sufrido una revolución en los últimos años con el desarrollo de la secuenciación masiva, las técnicas metagenómicas y la microfluídica, las cuales hemos desarrollado y perfeccionado en el Área de Genómica y Salud para estudiar el Microbioma Humano, es decir, el conjunto de microorganismos que conviven en el ser humano, desde el intestino a las vías respiratorias, la piel, la boca, la leche materna o el aparato urogenital.

3. Epidemiología molecular y evolución de microorganismos

Empleamos diversas técnicas de análisis genético y genómico para caracterizar microorganismos infecciosos obtenidos tanto de pacientes como de posibles fuentes de infección, ambientales o de otros organismos, para entender los procesos que llevan a la expansión de los microorganismos de interés en un grupo o población. Además de para caracterizar y entender la evolución de esos microorganismos, nuestro trabajo se aplica a:
• Estudio de brotes epidémicos y seguimiento epidemiológico de microorganismos.
• Determinación de rutas de transmission.
• Microbiología forense.
• Vigilancia epidemiológica molecular de patógenos y resistencias a antibióticos y antivirales.

4. Bioinformática y Bioestadística

Métodos bioinformáticos para el análisis genómico y análisis estadístico avanzado.
Los métodos desarrollados y aplicados en el Área se centran en:
• Control de calidad de los datos obtenidos de la secuenciación masiva.
• Análisis comparado de poblaciones bacterianas mediante estudios taxonómicos basados en el gen ribosomal 16S incluyendo análisis descriptivo y multivariante.
• Análisis comparado de genomas completos incluyendo distribuciones de polimorfismos con respecto a los genomas de referencia, agrupamiento de genomas en función de los perfiles de mutaciones o de los perfiles de genes compartidos, anotación funcional de los genomas, etc.
• Análisis de metagenomas/metatranscriptomas basados en la anotación funcional y distribuciones de las categorías génicas.
 

Grupos de investigación

- Laboratorio de Microbioma Oral
- Metagenómica del Microbioma Gastrointestinal
- Interacciones Patógeno-Microbiota
- Infección y Salud Pública
- Laboratorio de Virología
- Genómica de Tuberculosis

Unidades Mixtas de Investigación

- Unidad Mixta de Investigación en Genómica y Salud FISABIO-Salud Pública / Institut Cavanilles-Universitat de València
- Unidad Mixta de Investigación en Evolución y Salud FISABIO-Salud Pública / Institut Cavanilles-Universitat de València.